Далее музей пополнялся благодаря исследованиям зоологов университета. Он включает чучела, тушки, шкурки, влажные препараты, скелеты и микропрепараты. Экспедиционную работу и исследования проводили такие известные профессора, как Г. Э. Иоганзен, М. Д. Рузский, В. В. Сапожников, Г. Х. Иогансен, С. У. Строганов.
Зоологический музей Томского университета был основан в 1888 году. Первые экспонаты поступили в виде пожертвований во время строительства университета: коллекции птиц и млекопитающих из Центральной и Восточной Азии И. Ф. Каменского и Г. А. Колпаковского, морских беспозвоночных из Северного Ледовитого океана Н.А. Э. Норденшельда и др.