На базе музея проходят учебные занятия и практики для студентов Биологического института, Института искусств и культуры, факультета журналистики, геолого-географического факультета, факультета исторических и политических наук, обучающихся по направлениям подготовки: «История», «Биология», «География», «Экология и природопользование», «Графика и оформление печатной продукции», «Музеология и охрана объектов культурного и природного наследия», «Дизайн», «Журналистика» и другим. В экспозиционном зале и лаборатории Зоологического музея ТГУ проводится самостоятельная работа, а также проходят тематические занятия по дисциплинам и практикам студентов как преподавателями факультетов, так и сотрудниками музея по их заявкам.
Кроме того, Зоологический музей проводит тематические экскурсии для студентов-биологов (ТГУ), направленные на помощь в освоении дисциплин «Зоология позвоночных», «Большой практикум», «Биогеография», «Биоразнообразие», студентов медико-биологического факультета СибГМУ, обучающихся по специальностям «Медицинская биохимия», «Медицинская биофизика», «Медицинская кибернетика» в рамках дисциплины «Биология». На базе музея работает Зооклуб ТГУ и проходят встречи орнитологического кружка «Урагус».
Коллекции музея используются студентами и аспирантами в научно-исследовательской работе в рамках подготовки своих выпускных квалификационных работ и диссертаций.