Первые палеонтологические коллекции поступили в 1888 году от меценатов: попечителя Санкт-Петербургского горного института герцога М. Лейхтенбергского, профессора Петровско-Разумовской академии Г. Траутшольда, профессора Казанского университета В.М. Флоринского и других. С начала ХХ века фонды пополнялись материалами, собранными в экспедициях учеными университета.
Палеонтологический музей имени профессора В.А. Хахлова Томского государственного университета основан в 1926 году.
Сегодня музейное собрание содержит более 20 000 единиц хранения, среди которых остатки фауны и флоры практически всех геологических эпох фанерозоя. Места находок имеют обширную географию от Сибири до Западной Европы и Северной Америки. Значимыми экспонатами являются остатки ископаемых растений, рыб и морских беспозвоночных, ряд из которых являются эталонными (голотипы). Экспозиция музея содержит уникальные экспонаты представителей динозавровой, гиппарионовой и мамонтовой фаун Сибири, а также экземпляры юрских окаменелостей из всемирно известного местонахождения Золенгофен из южной Германии.
Наибольший интерес представляют два целых скелета раннемеловых пситтакозавров и три сборных скелета мамонта, первобытного бизона и шерстистого носорога.