Сегодня музейное собрание содержит более 20.000 единиц хранения. Среди них коллекция юрских сланцев с морской фауной, собранная в окрестностях немецкого города Золенгофен. Интерес представляет уникальная находка 2 целых скелетов динозавров — пситтакозавров, погребенных под селевыми осадками около 120 000 000 лет назад; реконструированные скелеты мамонта, бизона и шерстистого носорога — млекопитающих ледникового периода.
Научную ценность представляют коллекции палеозойских растений Сибири, фораминифер, кораллов, а также коллекция первых наземных растений — риниофитов.