Пополнение музейного собрания осуществлялось преподавателями и студентами университета на месторождениях Урала, Алтая, Саян, Кузнецкого Алатау, Восточного и Западного Танну-Ола, Монголии, Забайкалья, Приморья, Кольского полуострова, Якутии и др. Нередко образцы и изделия из минералов передают в дар музею выпускники геолого-географического факультета ТГУ.
Минералогический музей ТГУ основан в 1888 году. Гордость музея — коллекции, собранные в конце XIX — начале XX века известными учеными и инженерами В. А. Обручевым, А. М. Зайцевым, П. П. Пилипенко, П. П. Ивановым, З. М. Цибульским и др.