Среди экспонатов немало уникальных реликвий. Например, интерьер кабинета профессора конца XIX – начала XX века. В нем представлены подлинные вещи и предметы быта, принадлежавшие первому ректору Н.А. Гезехусу, зоологу Г.Э. Иоганзену, физику Ф.М. Капустину, математику Ф.Э. Молину, медикам М.Г. Курлову, П.В. Бутягину, юристу И.А. Малиновскому.
Музей истории ТГУ берет начало в 1950-х годах с создания Музея В. В. Куйбышева, посвященного памяти видного государственного деятеля и выпускника университета. Виталий Степанович Синяев, первый руководитель, заложил основу коллекции, а впоследствии, благодаря Анне Кузьминичне Говорковой, в 1962 году был создан «фонд университета».