В отличие от большинства университетских гербариев, которые возникли на основе коллекций, использовавшихся для преподавания, в Томском университете Гербарий был образован за три года до официального открытия университета и начала преподавания в нем. В 1933 году Гербарию было присвоено имя его основателя — профессора П.Н. Крылова.
Гербарий — это научное учреждение университета, осуществляющее сбор, обработку и хранение в систематическом порядке гербарных коллекций. Был основан в 1885 году приглашенным из Казани ботаником Порфирием Никитичем Крыловым.
Гербарий зарегистрирован в Международной базе Гербариев «IndexHerbariorum. HerbariaoftheWorld» с международным акронимом ТК. В 2015 году Гербарий им. П.Н. Крылова ТГУ признан Национальным достоянием России как «крупнейшая в России и важнейшая коллекция мирового уровня».
По величине фонда Гербарий ТГУ входит в число наиболее крупных гербариев России и является третьим в системе высшего образования. По способу хранения коллекций, продуманной системе информации и образцовому порядку Гербарий ТГУ считается одним из лучших в стране. Современный фонд Гербария насчитывает более 500 тысяч образцов, научные ценности Гербария — результат многолетнего коллективного труда, в его формирование внесли вклад более 2 тысяч коллекторов.
Специализацией Гербария им. П.Н. Крылова являются коллекции сосудистых растений — папоротников, хвощей, плаунов, голосеменных и покрытосеменных. Гербарный фонд формировался главным образом из сборов, проводившихся планомерно в разных районах Сибири и на сопредельных территориях, сборов, сделанных при выполнении научных работ; образцов, которые были подарены, переданы и получены путем гербарного обмена. Коллекционный фонд разделён на отделы по географическому принципу, особенно полно в Гербарии представлена флора Сибири. Имеются значительные коллекции флоры Средней Азии и Общего гербария, который включает гербарные образцы из Европейской России, Дальнего Востока, Крыма, Кавказа, Западной Европы, Северной Америки, а также Бразилии, Японии, Китая и других стран. Небольшими коллекциями представлены арктический, тропический гербарии, а также гербарий мохообразных и лишайников
Специализацией Гербария им. П.Н. Крылова являются коллекции сосудистых растений — папоротников, хвощей, плаунов, голосеменных и покрытосеменных. Гербарный фонд формировался главным образом из сборов, проводившихся планомерно в разных районах Сибири и на сопредельных территориях, сборов, сделанных при выполнении научных работ; образцов, которые были подарены, переданы и получены путем гербарного обмена. Коллекционный фонд разделён на отделы по географическому принципу, особенно полно в Гербарии представлена флора Сибири. Имеются значительные коллекции флоры Средней Азии и Общего гербария, который включает гербарные образцы из Европейской России, Дальнего Востока, Крыма, Кавказа, Западной Европы, Северной Америки, а также Бразилии, Японии, Китая и других стран. Небольшими коллекциями представлены арктический, тропический гербарии, а также гербарий мохообразных и лишайников
Поскольку коллекции Гербария используются для учебных и просветительских целей, оформлены учебный гербарий и тематические коллекции (лекарственные, кормовые, ядовитые, хозяйственноценные растения, редкие и исчезающие растения Томской области и Сибири).
Самым крупным собранием является отдел флоры Западной Сибири. В нем представлены сосудистые растения со всей территории Западной Сибири и частично из смежных районов Урала и Северного Казахстана. Основу коллекции составляют мноrолетние сборы выдающихся ученых-ботаников П.Н. Крылова, В.В. Сапожникова, Б.К. Шишкина, В.В. Ревердатто, Л.П. Сергиевской, А.В. Положий, А.В. Куминовой и др.