По величине фонда Гербарий ТГУ входит в число наиболее крупных гербариев России и является третьим в системе высшего образования. По способу хранения коллекций, продуманной системе информации и образцовому порядку Гербарий ТГУ считается одним из лучших в стране. Современный фонд Гербария насчитывает более 500 тысяч образцов, научные ценности Гербария — результат многолетнего коллективного труда, в его формирование внесли вклад более 2 тысяч коллекторов.
Специализацией Гербария им. П. Н. Крылова являются коллекции сосудистых растений — папоротников, хвощей, плаунов, голосеменных и покрытосеменных. Гербарный фонд формировался главным образом из сборов, проводившихся планомерно в разных районах Сибири и на сопредельных территориях, сборов, сделанных при выполнении научных работ; образцов, которые были подарены, переданы и получены путем гербарного обмена. Коллекционный фонд разделён на отделы по географическому принципу, особенно полно в Гербарии представлена флора Сибири. Имеются значительные коллекции флоры Средней Азии и Общего гербария, который включает гербарные образцы из Европейской России, Дальнего Востока, Крыма, Кавказа, Западной Европы, Северной Америки, а также Бразилии, Японии, Китая и других стран. Небольшими коллекциями представлены арктический, тропический гербарии, а также гербарий мохообразных и лишайников