В экспозиции представлены лучшие образцы памятников книжной культуры, хранящиеся в стенах библиотеки рукописные и старопечатные книги, газеты и журналы, прижизненные издания произведений писателей и поэтов на русском и иностранных языках, труды ученых, книги с необычной судьбой, в том числе и с автографами.

Книжный фонд Научной библиотеки начал формироваться в 1880 году одновременно с основанием первого сибирского вуза — Императорского Томского университета. Устроитель университета Василий Маркович Флоринский придавал огромное значение библиотеке как необходимейшему и самому прочному фундаменту духовного развития и прилагал большие усилия по наполнению фонда. Самым первым приобретением библиотеки была библиотека графа Г. А. Строганова, насчитывающая более 22 тысяч томов. Она была передана университету в 1879 году и доставлена в Томск в 1880 году. В дальнейшем были подарены или куплены личные книжные собрания князя С. М. Голицына, поэта В. А. Жуковского, профессора и цензора А.В. Никитенко, министра внутренних дел П. А. Балуева, ученого и путешественника Г. Н. Потанина и др.

Современная экспозиция Музея показывает книгу в контексте истории развития книгопечатания, отражает важные периоды исследования Сибири. Посетители смогут увидеть уникальные рукописные материалы XVII—XVIII вв.еков, относящиеся к истории Сибири и Томска: «Краткое описание о народе остяцком» — одно из первых этнографических исследований сибирских народов, написанное в Тобольске в 1715 г. Григорием Новицким. Интерес представляют западноевропейские и славяно-русские книги начального периода книгопечатания (XV-XVI века), среди которых одна из первых славянских печатных книг — «Острожская Библия» Ивана Федорова (1581).